Film, İstanbul Balıkhanesi Müdürü Karekin Deveciyan’ın 1915’te Osmanlıca yayımladığı “Balık ve Balıkçılık” eserinden yola çıkarak şehir, deniz, insan ve balığa dair değişimleri aktarırken; zengin bir denizden –kültüründen- bugüne; ‘İstanbul lüfere hasret kalmasın’, ‘küçük balık yoksa büyük balık da yok’ gibi kampanyalar noktasına nasıl geldiğimizi yansıtmaktadır. “Boğaziçi Balıkları” İstanbul’un ve insanlarının değişimini denizden bakarak gözlemlemeye çalışan bir belgesel film.